Comparison of different approaches to derive classical bonded force-field parameters for a transition metal cofactor: a case study for non-heme iron site of ectoine synthase
نویسندگان
چکیده
Abstract Computational investigations into the structure and function of metalloenzymes with transition metal cofactors require proper preparation model, which requires obtaining reliable force field parameters for cofactor. Here, we present a test case where several methods were used to derive amber bonded model Fe(II) cofactor ectoine synthase. Moreover, spin ground state was probed by DFT post-HF methods, consistently indicated quintet is lowest in energy well separated from triplet singlet. The performance obtained parameter sets, derived state, scrutinized compared taking account metrics focused on geometric features models as their energetics. main conclusion this study that Hessian-based yield represent geometry around ion, but poorly reproduce variance geometrical changes. On other hand, energy-based method yields accurately reproducing energy-structure relationships, bad optimization. Preliminary tests show admixing criteria may allow acceptable both geometry.
منابع مشابه
technical and legal parameters for determination of river boundary,( case study haraz river)
چکیده با توسعه شهر نشینی و دخل و تصرف غیر مجاز در حریم رودخانه ها خسارات زیادی به رودخانه و محیط زیست اطراف آن وارده می شود. در حال حاضر بر اساس آئین نامه اصلاح شده بستر و حریم رودخانه ها، حریم کمی رودخانه که بلافاصله پس از بستر قرار می گیرد از 1 تا20 متر از منتهی الیه طرفین بستر رودخانه تعیین، که مقدار دقیق آن در هر بازه از رودخانه مشخص نیست. در کشورهای دیگر روشهای متفاوتی من جمله: درصد ریسک...
15 صفحه اولa comparison of linguistic and pragmatic knowledge: a case of iranian learners of english
در این تحقیق دانش زبانشناسی و کاربردشناسی زبان آموزان ایرانی در سطح بالای متوسط مقایسه شد. 50 دانش آموز با سابقه آموزشی مشابه از شش آموزشگاه زبان مختلف در دو آزمون دانش زبانشناسی و آزمون دانش گفتار شناسی زبان انگلیسی شرکت کردند که سوالات هر دو تست توسط محقق تهیه شده بود. همچنین در این تحقیق کارایی کتابهای آموزشی زبان در فراهم آوردن درون داد کافی برای زبان آموزان ایرانی به عنوان هدف جانبی تحقیق ...
15 صفحه اولa study on construction of iranian life tables: the case study of modified brass logit system
چکیده ندارد.
15 صفحه اولa study on thermodynamic models for simulation of 1,3 butadiene purification columns
attempts have been made to study the thermodynamic behavior of 1,3 butadiene purification columns with the aim of retrofitting those columns to more energy efficient separation schemes. 1,3 butadiene is purified in two columns in series through being separated from methyl acetylene and 1,2 butadiene in the first and second column respectively. comparisons have been made among different therm...
esp needs analysis of iranian ma students: a case study of university of isfahan
نیاز سنجی دانشجویان کارشناسی ارشد ایرانی در رابطه با زبان تخصصی: مطالعه ای در دانشگاه اصفهان هدف از این مطالعه بررسی نیازهای یادگیری زبان خارجی دانشجویان کارشناسی ارشد دانشجویان دانشگاه اصفهان در رشته های زیست شناسی، روانشناسی، تربیت بدنی، حسابداری و فلسفه ی غرب میباشد. در مجموع 80 دانشجودر پنج رشته ی متفاوت از دانشگاه اصفهان در این پژوهش شرکت داشتند.علاوه بر این هشتاد دانشجو،25 استاد دروس ت...
15 صفحه اولذخیره در منابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ژورنال
عنوان ژورنال: Theoretical Chemistry Accounts
سال: 2021
ISSN: ['1432-2234', '1432-881X']
DOI: https://doi.org/10.1007/s00214-021-02796-z